SMA Swasta Santu Xaverius tetap lebih mengedepankan pendidikan karakter tanpa mengesampingkan pendidikan yang sifatnya akademis. Dalam mewujudkan Visi dan Misinya SMA Swasta Santu Xaverius Gunungsitoli memegang teguh prinsip moral dan ajaran Gereja Katolik.

Sebagai sekolah yang mendasarkan segala kegiatannya pada ajaran kristiani SMA Xaverius malaksanakan ibadat singkat pagi dengan doa dan bacaan Kitab Suci, doa Malaikat Tuhan (Angelus Domini) pada pukul 12.00 dan ibadat siang pada waktu pulang. Ibadat dilaksanakan secara serentak sesudah bel masuk pada pukul 07.15 WIB.

Sebelum doa bersama dengan para siswa bapak/ibu guru dan seluruh pegawai pada pukul 7.10 WIB melaksanakan doa secara tersendiri di kantor guru, sehingga pada saat ibadat bersama siswa bapak/ibu guru sudah memasuki ruang kelas dan ibadat bersama siswa lagi.

Setiap hari 15 menit sebelum pelajaran pertama dimulai para siswa wajib membaca sesuai dengan program pemerintah Gerakan Literasi Sekolah.

Selain itu untuk membiasakan penggunaan Bahasa Inggris maka pada setiap hari Rabu ada program English Day yang mewajibkan seluruh warga sekolah menggunakan bahasa Inggris untuk berkomunikasi.

Di bidang kebersihan lingkungan ada motto warga Xaverius yaitu LISA (Lihat Sampah Ambil). Pada hari-hari tertentu warga sekolah melaksanakan kerja bakti membersihkan sekolah dan lingkungan sekitar.

Untuk dapat berjalan dengan baik seluruh aktifitas di SMA Xaverius, maka SMA Xaverius telah memiliki Standar Operasional Prosedur (SOP), Peraturan Akademik serta Tata Tertib Siswa.